Hoitokunta ohjaa Saaristomeren Suojelurahaston toimintaa ja tekee
esitykset Centrum Balticum -säätiön hallitukselle rahoitettavista hankkeista.
Puheenjohtaja: Ympäristönsuojelupäällikkö Olli-Pekka Mäki, Turun kaupunki
| Harri Liven, toiminnanjohtaja, MTK Varsinais-Suomi |
| Varajäsen: Aino Launto-Tiuttu, aluepäällikkö |
| Hannu Klemola, aluepäällikkö, Suomen Luonnonsuojeluliiton Varsinais-Suomen piiri |
| Varajäsen: Sauli Luttinen, puheenjohtaja |
| Piia Leskinen, yliopettaja, Turun ammattikorkeakoulu |
| Varajäsen: Matias Scheinin, erityisasiantuntija |
| Olli-Pekka Mäki, ympäristönsuojelupäällikkö, Turun kaupunki |
| Varajäsen: Liisa Vainio, ympäristönsuojelusuunnittelija |
| Jari Hänninen, asemanjohtaja, Turun yliopisto |
| Varajäsen: Katja Mäkinen, tutkijatohtori |
| Sanna Kipinä, ryhmäpäällikkö, Varsinais-Suomen ELY-keskus |
| Varajäsen: Pekka Paavilainen, ylitarkastaja |
| Timo Juvonen, erikoissuunnittelija, Varsinais-Suomen liitto |
| Varajäsen: Sonja Palhus, kansainvälisten asioiden päällikkö |
| Katri Aarnio, amanuenssi, Åbo Akademi |
| Varajäsen: Sonja Salovius-Laurén, yliopistotutkija |