Centrum Balticum -säätiön Saaristomeren Suojelurahasto tukee paikallisia tekoja ja toimintaa Saaristomeren pelastamiseksi. Saaristomeren Suojelurahasto kerää lahjoituksia ja ohjaa varat konkreettisiin, paikallisiin vesiensuojeluhankkeisiin. Tavoitteena on vesien tilan paraneminen Saaristomerellä ja sen valuma-alueella.
Saaristomeren Suojelurahasto on perustettu marraskuussa 2007 osaksi Centrum Balticum -säätiötä. Suojelurahaston perustajatahot ovat:
- Elinkeinoelämän keskusliitto EK
- Lounais-Suomen ympäristökeskus
- MTK-Varsinais-Suomi
- Turun ammattikorkeakoulu
- Turun kaupunki
- Turun yliopisto
- Suomen luonnonsuojeluliiton Varsinais-Suomen piiri ry
- Åbo Akademi
Hoitokunta arvioi hankehakemukset Saaristomeren Suojelurahaston tavoitteiden sekä painopisteiden perusteella. Hankehakemuksia käsitellään vähintään kaksi kertaa vuodessa. Hoitokunnan tehtävänä on myös etsiä uusia ja innovatiivisia keinoja Saaristomeren tilan parantamiseksi ja edistää keskustelua niistä.